Madame Bovary comienza cuando Charles Bovary es un niño, incapaz de encajar en su nueva escuela y ridiculizado por sus nuevos compañeros de clase. De niño, y más tarde cuando se convierte en un hombre joven, Charles es mediocre y aburrido. Reprueba su primer examen médico y apenas logra convertirse en un médico rural de segunda categoría. Su madre lo casa con una viuda que muere poco después, dejando a Charles mucho menos dinero del que esperaba.
Charles pronto se enamora de Emma, la hija de un paciente, y los dos deciden casarse . Después de una boda elaborada, se instalaron en Tostes, donde Charles tiene su práctica. Pero el matrimonio no está a la altura de las expectativas románticas de Emma. Desde que vivía en un convento cuando era niña, sueña con el amor y el matrimonio como solución a todos sus problemas. Después de asistir a un baile extravagante en la casa de un noble rico, comienza a soñar constantemente con una vida más sofisticada. Se aburre y se deprime cuando compara sus fantasías con la monótona realidad de la vida del pueblo y, finalmente, su apatía la enferma. Cuando Emma queda embarazada, Charles decide mudarse a otra ciudad con la esperanza de recuperar su salud.
En la nueva ciudad de Yonville, los Bovary conocen a Homais, el farmacéutico de la ciudad, un pomposo charlatán al que le encanta oírse hablar. Emma también conoce a León, un empleado de la ley que, como ella, está aburrido de la vida rural y le encanta escapar a través de novelas románticas. Cuando Emma da a luz a su hija Berthe, la maternidad la decepciona —había deseado un hijo— y sigue desanimada. Los sentimientos románticos florecen entre Emma y Leon. Sin embargo, cuando Emma se da cuenta de que Leon la ama, se siente culpable y asume el papel de esposa obediente. Leon se cansa de esperar y, creyendo que nunca podrá poseer a Emma, parte para estudiar derecho en París. Su partida hace que Emma se sienta miserable.
Pronto, en una feria agrícola, un vecino rico llamado Rodolphe, que se siente atraído por la belleza de Emma, le declara su amor. Él la seduce y comienzan a tener una aventura apasionada. Emma es a menudo indiscreta y la gente del pueblo chismea sobre ella. Charles, sin embargo, no sospecha nada. Su adoración por su esposa y su estupidez se combinan para cegarlo ante sus indiscreciones. Mientras tanto, su reputación profesional sufre un duro golpe cuando él y Homais intentan una técnica quirúrgica experimental para tratar a un hombre con pie zambo llamado Hippolyte y terminan teniendo que llamar a otro médico para amputarle la pierna. Disgustada por la incompetencia de su marido, Emma se entrega aún más apasionadamente a su aventura con Rodolphe. Ella pide dinero prestado para comprarle regalos y sugiere que se escapen juntos y se lleven a la pequeña Berthe con ellos. Muy pronto, sin embargo, el hastiado y mundano Rodolphe se ha aburrido de los exigentes afectos de Emma. Negándose a fugarse con ella, la deja. Con el corazón roto, Emma se enferma desesperadamente y casi muere.
Cuando Emma se recupera, Charles tiene problemas financieros por tener que pedir dinero prestado para pagar las deudas de Emma y su tratamiento. Aún así, decide llevar a Emma a la ópera en la cercana ciudad de Rouen. Allí, se encuentran con Leon. Este encuentro reaviva la vieja llama romántica entre Emma y Leon, y esta vez los dos se embarcan en una historia de amor. Mientras Emma continúa escabulléndose a Rouen para encontrarse con Leon, también se endeuda cada vez más con el prestamista Lheureux, quien le presta más y más dinero a tasas de interés exageradas. Se vuelve cada vez más descuidada en la conducción de su aventura con Leon. Como resultado, en varias ocasiones, sus conocidos casi descubren su infidelidad.
Con el tiempo, Emma se aburre de Leon. Sin saber cómo abandonarlo, ella se vuelve cada vez más exigente. Mientras tanto, sus deudas aumentan a diario. Finalmente, Lheureux ordena la incautación de la propiedad de Emma para compensar la deuda que ha acumulado. Aterrorizada de que Charles se entere, trata desesperadamente de reunir el dinero que necesita, apelando a Leon ya todos los empresarios del pueblo. Finalmente, incluso intenta prostituirse ofreciéndose a volver con Rodolphe si él le da el dinero que necesita. Él se niega y, desesperada, ella se suicida comiendo arsénico. Ella muere en una horrible agonía.
Durante un tiempo, Charles idealiza el recuerdo de su esposa. Eventualmente, sin embargo, encuentra las cartas de Rodolphe y Leon, y se ve obligado a confrontar la verdad. Muere solo en su jardín y Berthe es enviada a trabajar en una fábrica de algodón.
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Pero era sobre todo a la hora de comer cuando ya no podía soportarlo más, en aquel cuartito de la planta baja, con la estufa humeante, la puerta chirriante, las paredes rezumantes, las baldosas húmedas; todas las amarguras de la vida parecían servidas en su plato, y con el vapor de la carne hervida subían del fondo de su alma otras exhalaciones como de repugnancia. Charles era lento para comer; mordisqueaba unas avellanas, o bien, apoyada en el codo, se divertía haciendo marcas en el hule con la punta de su cuchillo de mesa.
Este pasaje, de la primera parte, capítulo IX, ilustra la combinación de realismo y subjetividad emocional de Flaubert. El pasaje ejemplifica el realismo porque presta atención a los pequeños detalles, sin importar cuán desagradables sean. Por otro lado, el escrito mantiene un tono subjetivo en el sentido de que nos lleva a sentir el asco y la frustración de Emma. La importancia del mundo de los objetos para los pensamientos de Emma se enfatiza por las conexiones de las exhalaciones de su alma con el vapor de la carne. A lo largo del libro, Flaubert relaciona las emociones con los objetos precisamente de esta manera. Al hacer que las emociones sean inseparables de los objetos, Flaubert niega a Emma su único deseo: escapar del mundo físico en el que habita y vivir la vida que imagina. Aquí la vemos atrapada entre objetos que le dan asco. Porque Flaubert no nos deja escapar del entorno de Emma y nos obliga a fijarnos en todas sus imperfecciones, compartimos la frustración y la claustrofobia de Emma.